Kajaanin Vesi -liikelaitoksen hallinnosta ja toiminnasta sekä sisäisen valvonnan järjestämisestä vastaa Kajaanin kaupunginhallituksen alainen johtokunta. Kaupunki toteuttaa omistajaohjaustaan liikelaitoksen johtokunnan kautta.
Liikelaitoksen johtaja johtaa ja kehittää johtokunnan alaisena liikelaitoksen toimintaa kaupunginvaltuuston määrittämien toiminnallisten ja taloudellisten tavoitteiden mukaisesti.
Johtokunta ja päätöksenteko